牡丹因品种不同，其根型、数量也不一致，但大体上可分为三类：
【直根型】：此类型的根深(四年生的牡丹根可入土80厘米以上)，但根条稀疏，没有明显的主根，仅有几十条粗细均匀的粗“面条根”，根光滑、皮百，根上极少分生小根，根(加工后称“丹皮”)产量高，质量好。如“凤丹”、“赵粉”、“二乔”、“墨魁”等。这类牡丹多为药用兼观赏两用品种。
【坡根型】：此类根条粗细长短不一，分生侧根较多，交叉生长，俗称“鸡爪根”，多数入土较浅，斜坡角度大。如“青山贯雪”、“白玉”、“黄花葵”等品种，此类牡丹产丹皮质量、产量低于直根型，不适于药用栽培。
【中间型】：此类根条稀密适中，无明显主根，生有多数粗细均称、根皮光滑的“面条根”，平均入土深度在70-80cm，如“种生黑”、“姚黄”等，既可观赏，又可药用。