应当及时除去繁枝赘芽、枯枝、病虫枝，维持地上部分与地下部分的动态平衡，保持植株有均衡适量的枝条和美观的株形，使其通风透光，养分集中，才能生长旺盛，开花繁茂一致。主要措施包括如下几项：
选留枝干
牡丹定植后，第一年任其生长，可在根颈外萌发出许多新芽(俗称土芽);第二年春天时，待新芽长至10cm左右时，可从中挑选几个生长健壮、充实、分布均匀者保留下来，作为主要枝干(俗称定股)，余者全部除掉。以后每年或隔年断续选留1-2个新芽作为枝干培养，以使株丛逐年扩大和丰满。
酌情利用新芽
为使牡丹花大艳丽，常结合修剪进行疏芽、抹芽工作，使每枝上保留1个芽，余芽除掉，并将老枝干上发出的不定芽全部清除，以使养分集中，开花硕大。每枝上所保留的芽应以充实健壮为佳。
有些品种生长势强，发枝力强且成花率高，每枝上常有1-2个甚或3个芽均可萌发成枝并正常开花，对于这些品种每枝上可适当多留些芽，以便增加着花量和适当延长花期;而某些长势弱、发枝力弱并且成花率低的品种则应坚持1枝留1芽的修剪措施。