牡丹和其它花卉一样，必须进行整枝修剪工作，以保持株形美观，维持地上部分和地下部分器官生长平衡。
整枝:牡丹为丛生状灌木，供观赏定植的牡丹，每株留5-8个分枝，除去细弱的冗长枝。留下的枝条要分布均匀，高矮适度。如所留枝条部位不适时，也应除去，选留根颈处的土芽(分蘖芽)，培养成枝。供繁殖用的植株，可完全保留其全部土芽和枝条，愈繁密愈好，以分株培养枝干。
除芽:除芽可以保持枝条匀称，开花繁茂，整齐一致，控制花朵的多少和根部生长的强弱。?植物名实图考?一书记载:”种牡丹者，必剔其嫩芽，则精脉聚于老干，故有芍药打头，牡丹修脚之谚。”牡丹的花芽生长在顶芽或顶芽下的第一个侧芽。因此，牡丹除芽主要是保留顶芽，除去土芽和选留出来的枝条上无用芽。为了保持株形，还要摘除过高枝条的顶芽，留其侧芽令其开花;顶芽发育不健全者，应留下发育较好的侧芽。
除芽时间，一般在每年的春分与清明之间，过早，土芽尚未出土，在土壤内，对根部养分还能起输导作用;过迟，牡丹冗枝生长旺盛，消耗了养分，抑制了枝条的正常生长。牡丹第一年栽培后不进行除芽工作，留下所有的枝条和芽子，任其自然生长。第二年春季，土芽伸长5-6cm时开始除芽，选出强壮的或分布均匀的枝条或土芽5-8个，其余的芽子用刀或用手全部清除净。
牡丹嫁接后两年内，最好不让其开花，春季发现有花蕾时及早除去。尤其采根供药用的牡丹应如此。因为开一次花，要消耗大量的养分，影响植株根部生长，有的植株则呈现老年状态。