为保证牡丹移栽的成活率及以后的开花率，我国移栽牡丹历来多在秋季进行。北京地坛公园曾于2006年春从山东菏泽地区移栽了3至5年生牡丹3000株至北京，移栽成活率以及成活植株着花率都在95%以上，取得了技术上的突破。
移植前的准备
由于牡丹为春季进行花芽分化的植物，此时对牡丹进行分株或是移栽，使其肉质根系受损，养分难以吸收供给，植株体内正常的养分平衡遭到破坏，从而影响其花芽分化，导致花芽不分化，或分化不完全，最终难以开花。因此虽说是反季节移栽，也要选择在植株开花前移栽，要选择花芽已完全分化且花蕾已形成时进行。
牡丹苗的选择移栽时一定要选择植株健壮、无病虫害并且根系发达的牡丹种苗。除个别分枝能力差、根系欠发达的牡丹品种，如姚黄等少数品种外，大多数根系发达的品种均能进行移栽。
起苗时保证土球直径在40至50厘米即可，这样既可保证移栽后的成活率又可有效的节约运输成本。
包袋措施为保证牡丹种苗能完整平安的运达施工现场，我们采用了稻草兜根护枝护苗的方法，保湿透气，避免根系干燥，有利于移栽后顺利成活。
定植
因北京土质一般为黏性土壤，所以，做好土壤的排水问题是保证牡丹成活及以后生长良好的关键。排水层做法为：在距土壤表层1至1.5米下开沟填埋粗石粒或陶粒作为排水层，厚度为40至50厘米。做好排水层后，即可在上面铺上以园土和腐殖土相混合的土壤。
运达现场后应尽快定植，如不能马上定植，应将牡丹种苗存放于阴凉通风处，并根据天气情况及时向叶面喷洒清水。定植时，先去掉稻草包装，并尽量保证牡丹土球的完整性。为保证当季种植的效果，可采用50厘米×60厘米的株行距进行定植。