造成根腐病的主要原因，多系施用未经充分腐熟发酵的人粪尿等有 肥料，土壤感染所致。 因此，加强土壤水肥管理，主要措施为：
增施钾肥，促进新根生长。生长期，可使用0.1-0.2%的磷酸二氢钾，进行叶面喷雾，也可在施肥时，加入硫酸钾或氯化钾(盐碱地勿用)，每亩用量5-7.5公斤。
合理中耕和冬翻，使牡丹园的熟土层，经常保持在25至30厘米左右，防止土壤板结，保持土壤疏松，透水透气性好。
忌生肥、重肥。人粪尿少用或尽量不用，如施用人粪尿等有机肥料，必须经过充分腐熟发酵。
及时防治地下害虫。蛴螬咬破的根株，易感染根腐病。因此，每年早春，要及时喷洒敌百虫800倍液或辛硫磷1000倍液。
适当掌握牡丹的浇水次数及浇水量，尤其早春和夏末菌丝体活动期，当土壤含水量不少于60%时，尽量少浇或不浇水，以减少感染。