药用牡丹和观赏牡丹的区别主要体现在以下几个方面：
株型上：观赏牡丹从根部就开始分枝，而药用牡丹的分枝则从茎杆部位萌发，枝干较少，因此独杆的大多是药用牡丹。
花色上：观赏牡丹颜色多样，花型优美，具有很高的观赏性，包括红、白、粉、黄、紫、蓝、绿、黑及复色9大色系。相比之下，药用牡丹的花色基本是白色以及白粉色两种，非常专一。
药用价值：药用牡丹是指那些被广泛用于中医药和药用领域的牡丹品种，它们通常具有特定的药用成分，如芍药苷和多种有益化合物，被用于治疗不同的疾病和症状，如血液循环问题、肝脏疾病、炎症和妇科问题等。牡丹的根皮加工制成”丹皮”，是常用的凉血祛瘀的中药。
文化和历史价值：牡丹不仅是一种名贵花卉，也是中国传统文化中的重要元素，象征着富贵、吉祥和繁荣昌盛。药用牡丹的文化源流探讨显示，牡丹药文化可理解为在二千余年牡丹药用历程中，经历不断总结、实践、创新而形成的以药用牡丹为中心的文化现象和文化体系。
药用牡丹和观赏牡丹在株型、花色、药用价值以及文化和历史价值上存在明显区别。观赏牡丹以其丰富的色彩和优美的花型受到人们的喜爱，主要用于观赏;而药用牡丹则因其特定的药用成分，在中医药领域有着重要的应用价值。