叶斑病 又称“黑斑病”。此病为多毛孢属的真菌传染，真菌主要浸染叶片、茎、花。一般在花后15天发病，7月中旬随湿度升高日趋严重。初期发病表现在叶背面有谷粒大小褐色的斑点，边缘色略深，形成不规则的同心环纹枯斑，7月份斑增大，互相融连，叶片枯焦凋萎。受害叶柄产生黑绿色绒毛层，茎部产生隆起病斑。花梗花冠上产生小粉色斑点。
此病的防治方法应采取清洁园地和药物防治相结合，“立冬”前后，将牡丹田中的干叶清理干净，减少病原菌来源。5月份喷施1：1：160倍的波尔多液，10——15天一次，直到7月底。发病初期喷洒500——800倍的代森锌，7——10天一次。
紫纹羽病 是属真菌病，由土壤和根部传播而致。受害处有紫色或白色棉絮状菌丝，俗称“黑疙瘩头”。轻者不生新根，枝条枯细，叶发黄，重者整个根颈和根部腐烂，植株死亡。多发生于高温多雨时节。
防治该病最有效的方法，是选排水良好的高燥地块栽植;雨季及时中耕减少湿度;轮作、选育抗病品种都可以减少危害，栽植前用500倍五氯硝基苯药液，涂抹根部，5%的代森铵1000倍液浸根部都有较好的效果。
常见的还有菌核病、炭疽病、锈病等。牡丹老种植区，也有线虫病危害，都应选药防治。